W sierpniu 2003 Medina znalazł się w ogłoszonym przez selekcjonera Ricardo La Volpe składzie olimpijskiej reprezentacji Meksyku U-23 na Igrzyska Panamerykańskie w Santo Domingo. Na męskim turnieju piłkarskim dominikańskich igrzysk pełnił rolę podstawowego gracza swojej kadry – rozegrał wszystkie pięć meczów (z czego cztery w wyjściowym składzie), zdobywając gola w konfrontacji fazy grupowej z Argentyną (3:4), natomiast Meksykanie odpadli z rozgrywek w półfinale po porażce z Brazylią (0:1), zdobywając ostatecznie brązowy medal.
W seniorskiej reprezentacji Meksyku Medina zadebiutował za kadencji selekcjonera La Volpe, 10 października 2004 w wygranym 2:0 meczu towarzyskim z Gwatemalą. Niemal dekadę później wystąpił w dwóch spotkaniach wchodzących w skład eliminacji do Mistrzostw Świata 2014, udanych ostatecznie dla jego drużyny. W 2014 roku znalazł się w ogłoszonym przez szkoleniowca Miguela Herrerę składzie meksykańskiej kadry na Mistrzostwa Świata w Brazylii, jednak kilka tygodni przed rozpoczęciem turnieju doznał kontuzji, która wyeliminowała go z udziału w rozgrywkach;