Po aneksji Austrii (Anschluss) w roku 1938, z przyczyn formalnych (według uchwały kongresu w maju 1934 od tego roku prezydentem IKPK miał być zawsze szef wiedeńskiej policji), kontrolę nad Interpolem przejęły Niemcy, a w roku 1942 siedziba organizacji została przeniesiona do Berlina. Według Szymona Wiesenthala dokumenty Interpolu zostały wykorzystane dla własnych celów przez władze III RzeszyFedorowicz Andrzej, Czarne lata Interpolu; [w:], „Polityka”, 2014, nr 39, s. 58–60.. Od roku 1938 do 1945, prezydentami Interpolu byli funkcjonariusze III Rzeszy (generał SS), Reinhard Heydrich (generał SS), Arthur Nebe (generał SS – stracony w marcu 1945 za udział w zamachu na Hitlera) i Ernst Kaltenbrunner (generał SS – skazany na karę śmierci w Norymberdze).
W 1946 roku podczas konferencji w Brukseli reaktywowano Międzynarodową Komisję Policji Kryminalnych. Przeniesiono wówczas siedzibę centrali Komisji do Paryża. Dziesięć lat później przyjęto nazwę Międzynarodowa Organizacja Policji Kryminalnych – Interpol. Kolejnym krokiem reorganizacyjnym było przeniesienie siedziby Sekretariatu Generalnego do Saint-Cloud, a następnie do Lyonu.