Syn Jana Albrachta Smoguleckiego, Marcin Smogulecki, starosta nakielski, w końcu XVII wieku przystąpił do ufundowania klasztoru w oparciu o kościół szpitalny, zgodnie z wolą nakreśloną przez ojca w testamencie. W 1695 wzniesiono tymczasowe pomieszczenia dla zakonników i zaproponowano Danielowi Ślepowrońskiemu, przełożonemu prowincji wielkopolskiej bernardynów objęcie zespołu budynków. Z protestem wystąpił proboszcz parafii gołańczewskiej Jan Bronowski, kanonik kolegiaty św. Marii Magdaleny w Poznaniu. Twierdził, iż kościół pod wezwaniem „Imienia NMP” jest obiektem parafialnym. Dzięki staraniom Marcina Smoguleckiego i jego żony Katarzyny oraz bernardyńskiego komisarza Stanisława z Grodziska, arcybiskup gnieźnieński wyraził zgodę na instalowanie w mieście bernardynów. Bernardyni w sposób uroczysty objęli kościół 5 V 1701.
Kościół i zabudowania klasztorne Katarzyna Smogulecka po śmierci męża, fundatora przeniosła swoją siedzibę do Smogulca koło Wągrowca, a dobra w Gołańczy wydzierżawiła szlachcicowi Kazimierzowi Turnie. W związku z tym bernardyni przez kilka lat nie otrzymywali żadnych funduszów, przewidzianych aktem fundacyjnym na budowę klasztoru.