W ramach polityki ukrainizacji zasiadający w Synodzie biskupi Hilarion i Palladiusz skutecznie blokowali (wbrew sugestiom metropolity Dionizego) wyświęcanie nowych biskupów narodowości innych niż ukraińska – w ten sposób odrzucono kandydatury archimandrytów Mitrofana (Gutowskiego) i Teofana (Protasiewicza).
Według danych z 1941 Kościół sprawował opiekę duszpasterską nad 242 200 osobami (z czego 227 300 deklarowało narodowość ukraińską). Prowadził co najmniej 219 parafii, z czego jedną – w rycie zachodnim.
Pragnąc uchronić wyznawców prawosławia przed represjami ze strony władz nazistowskich, hierarchia Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego w Generalnej Guberni zachowywała pełną lojalność wobec okupantów. Na żądanie władz niemieckich zwierzchnik Kościoła wydał odezwy wzywające mieszkańców GG do wyjazdu na roboty do Rzeszy oraz popierające III Rzeszę w wojnie ze Związkiem Radzieckim.
W marcu 1944 metropolita Hilarion oraz arcybiskup Palladiusz apelowali do władz okupacyjnych o zgodę na zmianę nazwy Kościoła na Ukraiński Autokefaliczny