Autokefaliczny Kościół Prawosławny w Generalnej Guberni – autokefaliczny Kościół prawosławny istniejący od września 1940 do likwidacji Generalnego Gubernatorstwa.
Po agresji hitlerowskiej na Polskę we wrześniu 1939 i podziale ziem polskich między okupantów niemieckich i radzieckich ogromnej zmianie uległa sytuacja Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. Na terytorium Generalnego Gubernatorstwa w momencie jego utworzenia przebywało dwóch hierarchów PAKP – metropolita warszawski i całej Polski Dionizy (Waledyński) oraz biskup lubelski Tymoteusz (Szretter). Metropolita Dionizy, kanoniczny zwierzchnik PAKP, pod presją władz okupacyjnych zrzekł się zarządu diecezji warszawsko-chełmskiej i przekazał go arcybiskupowi berlińskiemu i niemieckiemu Serafinowi (Lade). Kierował on strukturami prawosławnymi w GG do 23 września 1940, gdy metropolita Dionizy złożył na ręce generalnego gubernatora Hansa Franka deklarację lojalności i otrzymał zgodę na objęcie kierownictwa w Kościele prawosławnym na terytorium GG. Hierarcha ogłosił wówczas powstanie Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego w Generalnej Guberni, z siedzibą zwierzchnika w Warszawie.