Historia Wraz z abdykacją cesarza Karola V w 1556 dynastia podzieliła się na dwie główne linie. Hiszpańską (zob. Hiszpania Habsburgów) zapoczątkował Filip II, syn cesarza, który w 1580 objął także tron portugalski i linię austriacką zapoczątkowaną przez Ferdynanda I (1503–1564). To właśnie objęcie przez niego tronu uznaje się za początek monarchii Habsburgów. Związany jest z przejęciem władzy w Czechach i na Węgrzech przez Ferdynanda I Habsburga, po śmierci Ludwika II Jagiellończyka i utworzeniem tym samym zwartego terytorium połączonego jedynie osobą władcy.
W czasie panowania Ferdynanda II podczas wojny trzydziestoletniej Habsburgowie przejściowo utracili tron czeski (wybrano tam na króla Fryderyka V, elektora Palatynatu – tzw. „król zimowy” 1619/1620) i węgierski (1619–1621 wybrano królem księcia Siedmiogrodu Gabora Bethlena). Pacyfikacja Czech w 1621. (Bitwa na Białej Górze) pozwoliła cesarzowi Ferdynandowi na wprowadzenie tam monarchii dziedzicznej w 1627: odtąd Habsburgowie nie musieli już ubiegać się o zgodę sejmu szlacheckiego na dziedziczenie korony. W 1687, podczas wielkiej wojny z Turkami, Habsburgowie uzyskali także od sejmu węgierskiego gwarancję dziedziczenia. W toku tego samego konfliktu, w 1690 wojska austriackie opanowały Siedmiogród, a syn cesarza Leopolda I, Józef I, został tamtejszym wielkim księciem.