W 2005 zespół grał trzeci raz w finale NBA. Wcześniej w pierwszej rundzie play-off zespół pokonał Seattle SuperSonics w stosunku 4-2. W kolejnej fazie ich przeciwnikiem był zespół Phoenix Suns – rewelacja sezonu 2005. Rywalizacja była bardzo zacięta, jednak zwycięzcami okazali się zawodnicy Spurs, którzy wygrali tę serię 4-1. W finale Spurs pokonali mistrzów poprzedniego sezonu Detroit Pistons 4-3. Kolejny raz MVP finałów został lider drużyny San Antonio – Tim Duncan. thumb|200px|Tim Duncan – pięciokrotny mistrz NBA Mistrzowska drużyna: Tim Duncan (MVP finału), Manu Ginóbili, Tony Parker, Bruce Bowen, Robert Horry, Glenn Robinson, Brent Barry, Radoslav Nesterovič, Nazr Mohammed, Beno Udrih, Devin Brown, Tony Massenburg. W sezonie reguarnym grali również Malik Rose, Mike Wilks, Sean Marks, Dion Glover i Linton Johnson. Trenerem był Gregg Popovich.
Czwarte mistrzostwo NBA zdobyli w 2007. Gładko wygrali rywalizację w finale z Cleveland Cavaliers nie ponosząc porażki. Zwyciężali kolejno: 85:76, 103:92, 75:72 i 83:82. MVP finałów tym razem został francuski rozgrywający, Tony Parker.