W latach 1566–1603 plebanem w Chynowie był Andrzej Dąbrowski, który był również plebanem w Sobikowie a od 1593 był poznańskim kanonikiem gremialnym. W 1603 parafia Chynów należała do diecezji poznańskiej (archidiakonat warszawski) – dekanat warecki. W czasie wizytacji biskupa poznańskiego Wawrzyńca Goślickiego stał tu drewniany kościół pod wezwaniem św. Trójcy z dzwonnicą, świeżo odnowiony w 1602 przez właścicieli Chynowa – Bielskich.
Plebania miała dochody z folwarku w Chynowie oraz dziesięciny ze wsi Piekut, Krężel, Chynów, Wola Chynowska i Przekora. W parafii działała szkoła której rektorem był Szymon z Drwalewa a kantorem Franciszek z Chosny. W 1828 Car Mikołaj I przekazał część dóbr królewskich Skarbowi Królestwa Polskiego. Do Ekonomii rządowej (siedziba w Potyczy) należały m.in. folwarki: Wola Chynowska, Krężel i wieś Chynów.
Po ostatnim rozbiorze Polski parafia Chynów znalazła się w nowo powołanej diecezji warszawskiej a w 1881 należała do dekanatu grójeckiego obejmującego 30 parafii (powiększonego o parafie z dawnego dekanatu wareckiego).
15 marca 2023 wybuchł pożar, który strawił zakrystię.