Latem 2009 Hernández został wypożyczony do ekipy Monarcas Morelia, której barwy reprezentował przez następny rok bez większych sukcesów. W późniejszym czasie za sumę półtora milionów dolarów przeszedł do występującego w drugiej lidze meksykańskiej klubu Tiburones Rojos de Veracruz, gdzie spędził kolejne sześć miesięcy, mając niepodważalne miejsce w wyjściowej jedenastce i docierając z nim do dwumeczu finałowego Liga de Ascenso. W styczniu 2011 powrócił do najwyższej klasy rozgrywkowej, podpisując umowę z drużyną Atlante FC z siedzibą w mieście Cancún, gdzie od razu zaczął pełnić funkcję podstawowego piłkarza zespołu. W połowie 2012 roku udał się na roczne wypożyczenie do zespołu Club Tijuana. W barwach tej drużyny w jesiennym sezonie Apertura 2012 zdobył pierwszy zarówno w swojej karierze, jak i historii klubu tytuł mistrza Meksyku, jednak przez cały pobyt w ekipie prowadzonej przez Antonio Mohameda pełnił wyłącznie rolę rezerwowego.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2007/2008 Club Atlas
Liga MX 26 0 2008/2009 Club Atlas
Liga MX 11 0 2009/2010 Monarcas Morelia
Liga MX 26 0 2010/2011 Tiburones Rojos de Veracruz
Ascenso MX 22 0 2010/2011 Atlante FC
Liga MX 15 0 2011/2012 Atlante FC
Liga MX 29 0 2012/2013 Club Tijuana
Liga MX 14 0 2013/2014 Atlante FC
Liga MX