b.d.LZS Puszcza 1 2 3 4 O A B1997/98 Klasa A b.d. b.d. b.d. b.d.LZS Puszcza 1 2 3 4 O A B1998/99 Klasa Agr.II 1(14) 62 65:22 b.d. LZS Puszcza 1 2 3 4 O A B 1999/00 Kl.Okr.Krakowska 9(17) 41 41:42 12/5/15LZS Puszcza 1 2 3 4 O A B 2000/01 Kl.Okr.Krakowska 3(16) 59 64:26 18/5/7MKS Puszcza2001.10.26 Zmiana nazwy na Miejski Klub Sportowy Puszcza. 1 2 3 4 O A B 2001/02 Kl.Okr.Krakowska 1(16) 70 84:31 b.d. MKS Puszcza 1 2 3 4 O A B2002/03 IV LigaKrakowska 10(18) 45 41:35 11/12/11MKS Puszcza 1 2 3 4 O A B2003/04 IV LigaKrakowska 8(17) 42 39:43 11/9/12MKS Puszcza 1 2 3 4 O A B2004/05 IV LigaKrakowska 5(16) 48 44:33 14/6/10MKS Puszcza 1 2 3 4 O A B2005/06 IV LigaKrakowska 1(16) 71 74:22 22/5/3Przegrane baraże o III LigęBaraże o III ligę21 czerwca: Okocimski KS Brzesko – Puszcza Niepołomice 2:1 (1:1)25 czerwca: Puszcza Niepołomice – Okocimski KS Brzesko 3:3 (3:0).MKS Puszcza 1 2 3 4 O A B2006/07 IV LigaMałop. 5(18) 58 69:33 17/7/10MKS Puszcza 1 2 3 4 O A B2007/08 IV LigaMałop. 2(18) 73 67:27 22/7/5Po sezonie reforma rozgrywek. MKS Puszcza E 1 2 3 4 O A 2008/09 III Ligagr. VII 5(16) 49 55:31 14/7/9MKS Puszcza E 1 2 3 4 O A 2009/10 III Ligagr. VII 1(18) 70 62:27 22/4/8MKS Puszcza E 1 2 3 4 O A 2010/11 II Ligawsch. 17(18) 26 31:47 5/11/18MKS Puszcza E 1 2 3 4 O A 2011/12 II Ligawsch.