Kiedy w 1935 r. powróciła do Berlina, we własnym domu ukrywała Żydów. W latach 1935–1940 była żoną Waltera Hillbringa. Ze względu na swoje poglądy polityczne często zmieniała pracę. W 1940 r. rozpoczęła studia weterynaryjne, które ukończyła w 1943 r. Przed II wojną światową poznała autora żydowskiego Hansa Hirschela (1900–1975), który był redaktorem awangardowego niemieckiego pisma literackiego Das Dreieck, założonego w 1925 r. Od 1942 r. do końca wojny chroniła go w specjalnej kryjówce wewnątrz kanapy w salonie swojego mieszkania w Wilmersdorf. Maria zaszła w ciążę z Hansem. Nowo narodzone dziecko zostało umieszczone w inkubatorze w szpitalu, który zbombardowano. Brak energii elektrycznej zatrzymał działanie inkubatora i dziecko zmarło. Wkrótce potem adoptowała dwie dziewczynki z obozu dla dzieci. Działała w opozycji antyhitlerowskiej, we współpracy z należącym do Kościoła Szwecji kościołem Victorii w Wilmersdorf ratowała Żydów w czasie II wojny światowejMaria von Maltzan – Jad Waszem , ukrywając, zdobywając dla nich fałszywe dokumenty, mięso, z katedry weterynarii.