Po objęciu katedry biskupiej kontynuował pracę naukową jako teolog i historyk Kościołów chrześcijańskich. W okresie sprawowania przez niego urzędu biskupa nadzorującego rosyjskie struktury prawosławne w Ameryce Północnej misja rosyjska rozpoczęła działania ukierunkowane na nawracanie obywateli Stanów Zjednoczonych (do tej pory ograniczano się do rdzennych ludów Alaski). Biskup Jan napisał w języku angielskim pięciotomowe dzieło poświęcone kongregacjonalizmowi, episkopalianizmowi, metodystom, prezbiterianizmowi oraz ruchom sekciarskim w USA, które zatytułował Z historii sekt religijnych w Ameryce. Publikował również artykuły religijne w prasie religijnej i wydał pracę poświęconą siedmiu soborom powszechnym.
12 kwietnia 1877 został skierowany do pracy w Świątobliwym Synodzie Rządzącym i opuścił kontynent amerykański, zamieszkując w Moskwie. Następnie od 1889 do 1910 był wikariuszem eparchii dońskiej z tytułem biskupa aksajskiego. W 1910 odszedł w stan spoczynku i zamieszkał w monasterze Opieki Matki Bożej w Astrachaniu, pełniąc funkcję jego przełożonego.