1 marca 2005 ukazał się długo oczekiwany drugi album zespołu zatytułowany Frances the Mute. Wcześniej do Internetu wyciekły robocze wersje wszystkich utworów, co oczywiście nie zachwyciło muzyków. Tym razem motywem przewodnim tekstów są fragmenty dzienników znalezionych i opowiadanych reszcie zespołu przez Jeremy'ego Warda - historia człowieka poszukującego swoich korzeni, biologicznych rodziców. Wpływy muzyczne są jeszcze bardziej zróżnicowane, do instrumentarium dołączono instrumenty dęte, a tylko jeden utwór trwa krócej niż 10 minut. Wszystkie są podzielone na podutwory.
Muzycy Ostatni skład zespołu Omar Rodríguez-López – gitara, wokal wspierający (2001-2013) Cedric Bixler-Zavala – wokal prowadzący (2001-2013) Juan Alderete – gitara basowa (2003-2013) Marcel Rodríguez-López – instrumenty klawiszowe, instrumenty perkusyjne (2003-2013) Deantoni Parks – perkusja (2006, 2010-2013) Lars Stalfors – instrumenty klawiszowe (2009–2010, 2011-2013)