W 1993, w czasie operacji Medački džep, część żołnierzy w rejonie Gospicia dopuściła się zbrodni ludobójstwa na Serbach i naruszenia prawa wojennego. Międzynarodowy Trybunał Karny dla byłej Jugosławii odpowiedzialnością za te zbrodnie obciążył gen. Bobetko, jako najwyższego rangą dowódcę, koordynującego działania w tym rejonie. Bobetko odmówił poddania się jurysdykcji Trybunału uznając, że oskarżenia kierowane przeciwko niemu podważają legalność operacji wojskowych, przeprowadzonych w czasie wojny. Rząd chorwacki nie zajął jednoznacznego stanowiska w tej sprawie, licząc się z szerokim poparciem społecznym dla zasłużonego w wojnie generała. Zanim podjęto decyzje w jego sprawie, Bobetko zmarł po ciężkiej chorobie. Pochowany na miejskim cmentarzu w Sisaku.
W 1996 Bobetko wydał książkę Wszystkie moje bitwy (chorw. Sve moje bitke).
Odznaczenia Wielki Order Króla Petara Krešimira IV (1995) Order Księcia Domagoja (1995) Order Bana Jelacica (1995) Order Ante Starčevića (1998) Medal Wdzięczności Ojczyzny (1995) Medalja „Oluja” (1998)
Przypisy