Jeszcze w 1937 za swą pracę w Straży Granicznej został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.

Podczas kampanii wrześniowej Karol Bacz uczestniczył w walkach granicznych na Śląsku, następnie dowodził batalionem w starciach w okolicy Rawy Ruskiej, gdzie dostał się do niewoli niemieckiej. W październiku uciekł z transportu jeńców i przedostał się do Krakowa. Aresztowany 9 listopada 1939 podczas łapanki, do stycznia 1940 był więziony przy Montelupich. W latach 1943−1945 był, pod pseudonimem „Górski”, oficerem łącznikowym konspiracyjnej Polskiej Armii Ludowej.

W 1945 zgłosił swój akces do Wojska Polskiego. Od października został, w stopniu podpułkownika, szefem formowanego Wydziału Wojsk Ochrony Pogranicza Dowództwa Okręgu Wojskowego nr II w Toruniu. W ciągu następnych kilku miesięcy nadzorował organizację struktur WOP na podległym sobie terenie, przyczyniając się do ich sprawnego funkcjonowania na terenie Pomorza. Intensywna służba spowodowała jednak nasilenie się choroby serca. 17 lipca 1946 Karol Bacz został awansowany na pułkownika, we wrześniu odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi. 8 października tego roku objął dowództwo 12 Gdańskiego Oddziału WOP.