Później służył dalej we Flocie Bałtyckiej, prowadząc również wykłady w szkole maszynistów. W 1915 roku awansował do stopnia kapitana II rangi (odpowiednik komandora porucznika).
Po zwolnieniu ze służby w 1918 roku powrócił do Polski i na początku 1920 roku stawił się do dyspozycji Departamentu Spraw Morskich Ministerstwa Spraw Wojskowych. Zaproponowano mu pracę w powstającej administracji morskiej na Wybrzeżu. Wkrótce został kierownikiem referatu technicznego Urzędu Marynarki Handlowej w Wejherowie. Sprawował kontrolę nad infrastrukturą brzegową, w tym latarniami morskimi i portami rybackimi. Od tej pory stale pracował w polskiej administracji morskiej, po kolejnych przekształceniach instytucjonalnych zostając zastępcą dyrektora Urzędu Morskiego w Gdyni i naczelnikiem jego wydziału mechanicznego.
Czesław Małyszewicz ożenił się z Edytą Ingeborg (1885−1974), która wyemigrowała do USA i tam umarła.
Zmarł 8 lipca 1929 roku w Wejherowie i tam został pochowany.