W 1995 roku Centrum zostało połączone z ośrodkiem szkoleniowym rosyjskich sił zbrojnych. Stało się wówczas własnością rosyjskiego Ministerstwa Obrony, było zarządzane wspólnie przez Ministerstwo Obrony i Roskosmos – Rosyjską Agencję Kosmiczną. Było to przyczyną narastających nieporozumień i sporów. W tej formie Centrum przetrwało do 2009 roku.
Stan obecny W kwietniu 2009 roku prezydent Rosji Dmitrij Miedwiediew podpisał dekret, na mocy którego Centrum zostało przekazane Roskosmosowi. Jego dyrektorem został Siergiej Krikalow – jeden z najbardziej doświadczonych rosyjskich kosmonautów.
Od 1 stycznia 2011 roku w miejsce dotychczasowych trzech oddziałów kosmonautów powołano jeden korpus, w którym znaleźli się kosmonauci zgrupowani wcześniej w oddziałach: Ministerstwa Obrony, przedsiębiorstwa RKK Energia (dawne zakłady S. Korolewa), Instytutu Badań problemów Biomedycznych z Moskwy (oddział grupujący lekarzy).
Dyrektorzy Centrum Wyszkolenia Kosmonautów Jewgienij Karpow 1960–1963 Michaił Odincow 1963 Nikołaj Kuzniecow 1963–1972 Gieorgij Bieriegowoj 1972–1987 Władimir Szatałow 1987–1991 Piotr Klimuk 1991–2001 Wasilij Cyblijew 2001–2009 Siergiej Krikalow 2009–2014 Jurij Łonczakow 2014–2017 Pawieł Własow 2017–2021 Maksim Charłamow od 2021 Począwszy od G.