W pierwszej lidze jak za dawnych lat klub spisywał się przeciętnie i po słabym sezonie 2003/04 spadł do Primera A.
Po krótkiej absencji klub pod wodzą trenera Carlosa Reinoso wrócił do najwyższej klasy rozgrywkowej. W sezonie 2005/06 San Luis znalazł się w bardzo trudnej sytuacji i niewiele brakowało, by po roku gry w pierwszej lidze znów znalazł się w drugiej lidze. Klub szczęśliwie tego uniknął, zyskując sobie miano "Equipo de la Buena Suerte" ("Szczęśliwa Drużyna"). Od tego momentu firma Televisa posiadała w najwyższej lidze Meksyku trzy kluby – obok San Luis były to: América i Necaxa. Z tego powodu kluby te nazywane są "braćmi", przy czym San Luis z powodu znacznie mniejszych sukcesów na koncie zwany jest "młodszym bratem".
San Luis znany jest także ze swych gorących kibiców zwanych La Guerrilla, należących do najbardziej oddanych kibiców w Meksyku, wspierających swój klub bez względu na osiągane wyniki.