Wkrótce urząd skarbowy zajął konta jego firmy, domagając się zwrotu 2 mln złotych z tytułu ulg inwestycyjnych w związku z przekształceniem statusu prawnego przedsiębiorstwa. Klaudiusz Balcerzak sprzedał ją wówczas niemieckiemu inwestorowi, zobowiązując się do dziesięcioletniego zakazu konkurencji. Działał w branży gastronomicznej i hotelarskiej, przeszedł terapię związaną z chorobą nowotworową, procesował się z nabywcą jego firmy w sprawach o działalność konkurencyjną. W 2009 otworzył restaurację w budynku dworca kolejowego w Sławie.
W wyborach samorządowych w 2006 i 2010 był wybierany na radnego sejmiku lubuskiego z listy Platformy Obywatelskiej. W wyborach w 2007 również z ramienia PO kandydował bez powodzenia do Sejmu, a w wyborach w 2009 do Parlamentu Europejskiego. Po utracie mandatu przez posła Marka Cebulę (w związku z wyborem na burmistrza) uzyskał prawo do jego objęcia. Ślubowanie poselskie złożył 14 grudnia 2010. W wyborach w 2011 nie odnowił mandatu. W 2014 powrócił do sejmiku lubuskiego z ramienia PO. W kwietniu 2016 odszedł z partii, przechodząc do klubu radnych Prawa i Sprawiedliwości. W 2018 z listy PiS nie uzyskał reelekcji. W 2019 bez powodzenia kandydował do Senatu.