W V wieku miał miejsce najazd Hunów, a w kolejnym wieku Awarów i Słowian. We wczesnym średniowieczu Baczka była częścią Kaganatu Awarów. W wyniku wojny awarsko-frankijskiej (791–796) znalazła się w granicach Państwa frankijskiego. Po najeździe bułgarskim w I połowie IX wieku, na przełomie IX i X wieku doszło do podboju przez Księstwo Węgier.
Baczka silnie ucierpiała w wyniku chłopskiego powstania Dozsy w 1514 roku (kolejne sięgające tu powstania to powstanie Rakoczego z lat 1703–1711 i powstanie węgierskie z lat 1848–1849). W 1526 roku, w wyniku bitwy pod Mohaczem, stała się częścią Imperium Osmańskiego (Sandżak Segedyński, Ejalet Budy). Kres panowaniu osmańskiemu przyniósł traktat w Karłowicach z 1699 roku.
W XVIII wieku miała miejsce kolonizacja niemiecko-rusińsko-słowacko-węgierska. W wyniku Wiosny Ludów znalazła się w granicach . Od 1867 roku Baczka administracyjnie należała do węgierskiego Komitatu Bács-Bodrog. Po I wojnie światowej nastąpił natomiast jej podział pomiędzy Królestwo Węgier a Królestwo Serbów, Chorwatów i Słoweńców.