Chcąc zaprezentować swoje prace oraz dzieła innych nowojorskich artystów awangardowych, latem 1960 wynajęła strych domu przy 112 Chambers Street na dolnym Manhattanie, który udostępniała także kompozytorowi La Montemu Youngowi w celu organizacji jego koncertów. Oboje uważali się za kuratorów tychże imprez, jednak Ono przyznała, że z czasem została przez Younga odsunięta w tej kwestii na dalszy plan. Imprezy przy Chambers Street były miejscem wystawienia pierwszych konceptualnych prac Ono.
W latach 60. i na początku lat 70. XX wieku zajmowała się filmem.
W listopadzie 1966 podczas wystawy w londyńskiej galerii Indica poznała Johna Lennona, który został jej mężem i z którym tworzyła muzykę. W maju 1968 wydali wspólny album pt. Unfinished Music No.1: Two Virgins, który wywołał kontrowersje ze względu na okładkę ukazującą Ono i Lennona kompletnie nagich. Płyta poniosła sprzedażową porażkę, rozchodząc się w zaledwie 5 tys. nakładzie w Wielkiej Brytanii. W 1969 wydała z Lennonem album pt. Unfinished Music No.2: Life with the Lions, który także został sprzedany w niewielkim nakładzie nieco ponad 5 tys. egzemplarzy. Pod koniec 1969 wydali Wedding Album.