Lego Indiana Jones 2 zawiera kreator poziomów gdzie gracze mogą utworzyć ich własne poziomy oraz obiekty. Obaj gracze w trybie kooperacji zostali rozdzieleni na dwie kamery; obie strony nie muszą się starać, by zawsze być blisko siebie, kamera automatycznie się rozdzieli kiedy gracze oddalą się od siebie, a kiedy się przybliżą - automatycznie powróci jeden ekran. Etapy zostały przeprojektowane; przedtem każdy etap był małym obszarem z łatwym dostępem do poziomów, które zostały odblokowane. Teraz każdy etap jest dużym obszarem, do którego wejścia do poziomów muszą zostać odkryte przez gracza.

Gra ma system trofeów na PlayStation 3. 23 listopada 2009 roku LucasArts ujawnił na Twitterze, że działa Patch na Playstation 3 i Xbox 360, który pozwoli grę kooperacji online

Gra zaczyna się od pierwszego etapu odpowiadającego Królestwu Kryształowej Czaszki. Łącznie gra zawiera 6 etapów (Poszukiwacze zaginionej Arki, Świątynia Zagłady, Ostatnia Krucjata i 3 etapy Królestwa Kryształowej Czaszki) wraz z 5 poziomami w trybie opowieści w każdym etapie, 5 poziomami skarbu, 5 poziomami bonusowymi i 1 super poziomem bonusowym (jest on odkryty przez przejście poziomów skarbu).

Przyjęcie