W 1658 część obiektów oraz wyposażenie świątyń zostało zniszczone w pożarze. Nowe wyposażenie dla monasteru wykonał ikonograf Fiodor Zubow z Solikamska. W ciągu kilku lat pracy nad tworzeniem nowych ikonostasów dla klasztornych cerkwi Zubow i współpracujący z nim ikonografowie sporządzili liczący ponad 500 kart zbiór wzorcowych ikon poszczególnych świętych. Klasztor należał w tym okresie do najbogatszych monasterów na północy Rosji i niejednokrotnie mnisi wspierali finansowo władców Moskwy. W 1607 w monasterze powstał nowy, pięciokopułowy sobór Trójcy Świętej. W latach 1639–1644 powstał refektarz z cerkwią Zwiastowania, zaś w połowie XVII stulecia – dzwonnica z cerkwią Świętych Hierarchów Moskiewskich Piotra, Aleksego i JonaszaA. Nizowskij, Samyje znamienityje..., s.412.
Za rządów Borysa Godunowa do monasteru został zesłany Fiodor Nikiticz Romanow, gdzie został on zmuszony do złożenia ślubów zakonnych i otrzymał imię Filaret. W 1619 został on patriarchą Moskwy i całej RusiA. Nizowskij, Samyje znamienityje..., ss.411–412.
W 1661 wzniesiona została najmłodsza z cerkwi monasterskich – nadbramna świątynia św. Sergiusza z Radoneża, przebudowana w XVIII wieku.