Motif ES Druga wersja serii Motif - ES została zaprezentowana na NAMM 2003. W tej wersji serii Motif pojawił się Ribbon Controller, nowe suwaki oraz guziki do obsługi sekwencera, i małe zmiany w obudowie. Tak samo jak Classic, ES był produkowany w 3 wersjach: 6 (61 klawiszy), 7 (76 klawiszy) i 8 (88 klawiszy), a rok po premierze; w 2004 zaprezentowany został Motif Rack ES. Instrumenty z tej serii oferowały użytkownikowi 128 głosową polifonię, 768 brzmień fabrycznych, 175MB pamięci ROM, która musiała pomieścić ponad 1850 próbek wave. Użytkownik miał do dyspozycji 384 miejsca na swoje brzmienia.
Motif XS
Yamaha zdecydowała się wydać kolejną serię Motif − XS. Stało się to na NAMM 2007 − cztery lata po ES. Nowego Motif'a charakteryzuje: 8 suwaków, duży ekran LCD (320x240p), kolorowy, o rozmiarze 5.7" − ta sama wielkość, co w konkurencyjnym Korgu M3. W porównaniu do ES, z XS'a zniknął slot na kartę, a pojawiło się wyjście cyfrowe (RCA-S/PDIF). XS oferuje 1024 brzmienia fabryczne, oraz 384 miejsca na brzmienia użytkownika. Posiada 2670 próbek wave, które zajmują 355MB pamięci ROM. XS posiada sekwencer zapisujący 130 000 nut. To mniej niż w ES (226 000), jednak więcej niż w Classic (110 000). W 2008 pojawił się model Rack XS.