Henryk został uwolniony i odzyskał swoje księstwo w 1547 po rozgromieniu wojsk związku przez cesarza w bitwie pod Mühlbergiem. Natychmiast podjął działania kontrreformacyjne, wobec czego miasto Brunszwik zawarło sojusz z margrabią Kulmbach, Albrechtem Alcybiadesem Hohenzollernem. Albrecht został pokonany przez siły Henryka w bitwie pod Sievershausen w 1553, jednak ceną zwycięstwa okazała się śmierć podczas bitwy dwóch najstarszych, katolickich synów Henryka: Karola Wiktora i Filipa Magnusa. Konsekwencje tego faktu były o tyle poważne, że jedynym następcą Henryka pozostał młodszy syn Juliusz, który był luteraninem. Z tego też powodu Henryk zdołał jedynie odsunąć w czasie przejście księstwa na protestantyzm, nie zdołał jednak mu zapobiec.
Rodzina Henryk II Młodszy był dwukrotnie żonaty. Pierwszą jego żoną była Maria, córka Henryka, hrabiego Wirtemberg-Mömpelgard. Mieli jedenaścioro dzieci, w tym wieku dojrzałego dożyli: Małgorzata (ur. ?, zm. 1580), żona księcia ziębickiego Jana Podiebradowicza Katarzyna (ur. 1518, zm. 1574), żona margrabiego brandenburskiego Jana z Kostrzyna Maria (ur. 1521, zm. 1539), ksieni w Gandersheim Karol Wiktor (ur. 1525, zm. 1553), poległy w bitwie pod Sievershausen Filip Magnus (ur. 1527, zm. 1553), poległy w bitwie pod Sievershausen Juliusz (ur. 1528, zm.