Od września 1927 do września 1930 był dowódcą plutonu i kompanii w 1 batalionie strzelców w Chojnicach. 1 stycznia 1930 otrzymał awans na kapitana. Od października 1930 do października 1932 był słuchaczem Wyższej Szkoły Wojennej w Warszawie. Następnie służył jako I oficer sztabu w dowództwie 1 Dywizji Piechoty Legionów w Wilnie (do kwietnia 1934) oraz dowództwie 7 Dywizji Piechoty w Częstochowie (do maja 1935). Do stycznia 1936 dowodził kompanią w 27 pułku piechoty w Częstochowie.
Od stycznia 1936 był oficerem do zleceń w Sztabie Głównym Wojska Polskiego. Na stopień majora został mianowany ze starszeństwem z 19 marca 1937 i 131. lokatą w korpusie oficerów piechoty.
Po kampanii wrześniowej przedostał się do Rumunii, tam internowany. Po ucieczce działał w Stambule, a następnie w sztabie Wojska Polskiego na Środkowym Wschodzie. Od lutego służył w dowództwie Samodzielnej Brygady Strzelców Karpackich, od października 1942 do sierpnia 1943 był jej szefem sztabu. Awansował na podpułkownika dyplomowanego w maju 1943. Do maja 1944 był szefem sztabu 3 Dywizji Strzelców Karpackich, brał udział w bitwie o Monte Cassino. thumb|Grób Henryk Piątkowski Od czerwca do listopada 1944 dowodził 5 Wileńską Brygadą Piechoty, m.in. w bitwie o Ankonę. Od września 1944 pułkownik dyplomowany.