W 1804 Savary, na rozkaz Bonapartego, był jedną z osób bezpośrednio zaangażowanych w porwanie i egzekucję księcia Ludwika d’Enghien, pochodzącego z rodu Kondeuszy, spokrewnionego z rodziną Burbonów, rzekomo zamieszanego w spisek przeciwko Bonapartemu. 1 lutego 1805 Savary został mianowany generałem dywizji. Podczas kampanii w 1805 roku walczył pod Austerlitz. Tuż przed bitwą pod Austerlitz, Napoleon wysłał Savary'ego z misją do cara Aleksandra I, dowodzącego wojskami rosyjskimi. Savary przez trzy dni przebywał w obozie rosyjsko-austriackim, dzięki czemu uzyskał i przekazał informacje o stanie wojsk nieprzyjaciela.
Odznaczył się w czasie kampanii 1806-1807. Walczył pod Jeną. W pierwszych miesiącach 1807 roku został dowódcą V Korpusu Wielkiej Armii, którym dowodził podczas bitwy pod Ostrołęką, za to zwycięstwo otrzymał od cesarza Krzyż Wielki Legii Honorowej. Walczył również pod Lidzbarkiem i Frydlandem.