Ostatnim przedsięwzięciem Boczkowskiego przed II wojną światową był założony w 1937 kabaret Małe Qui Pro Quo mieszczący się na pierwszym piętrze kawiarni Ziemiańska.
W okresie okupacji niemieckiej, od 1941, był dyrektorem oficjalnego teatru Złoty Ul mieszczącego się przy Nowym Świecie. Teatry tego typu były potępiane, a udział w ich działalności zakazany przez Tajną Radę Teatralną. Mimo tego wystawiano tam rewie takie jak W ululanym ulu – upiły się pszczółki miodem czy Moczmy nogi. W marcu 1944 teatr został przemianowany na Wodewil. Inauguracyjnym przedstawieniem była francuska farsa Pan naczelnik to ja, w której główną rolę grał Antoni Fertner. Przedstawienie zostało później przerobione przez Boczkowskiego na komedię muzyczną.
Po wojnie, w 1945, stworzył działający na warszawskiej Pradze teatrzyk Różowy Balonik nawiązujący do tradycyjnych przedwojennych kabaretów. Po jego rozwiązaniu był pierwszym powojennym prezesem Związku Autorów i Kompozytorów Scenicznych. Funkcję tę sprawował do 1947.