W II połowie XVII w. monaster został kilkakrotnie zniszczony wskutek najazdów tureckich. W 1678 po jednym z nich uległ całkowitemu spaleniu. Jednak już w 1685, z pomocą metropolity kijowskiego Gedeona, został reaktywowany. W 1727 została wzniesiona nowa murowana cerkiew Trójcy Świętej.
Od 1753 ihumenem klasztoru był Melchizedek (Znaczko-Jaworski), organizator działalności misyjnej wśród zamieszkujących Ukrainę Prawobrzeżną unitów, aktywny uczestnik konfliktu między hierarchią prawosławną a unicką w Rzeczypospolitej, kilkakrotnie wyjeżdżający do Rosji w celu pozyskiwania poparcia Katarzyny II dla prawosławnych w państwie polsko-litewskim, bliski współpracownik biskupa białoruskiego Jerzego. W roku tym w monasterze przebywało ok. dwudziestu mnichów, którzy cieszyli się w miejscowej społeczności znacznym autorytetem moralnym. Równocześnie działalność ihumena Melchizedeka sprawiła, że od 1767 roku (w okresie, gdy nie przebywał on w granicach Rzeczypospolitej, po ucieczce z aresztu) Monaster Motroniński stał się jednym z miejsc, do których w okresie poprzedzającym koliszczyznę ściągała miejscowa ludność pragnąca zbrojnie wystąpić przeciwko unitom.