Powstanie MSW III RP 12 września 1989 r. rozpoczął pracę rząd Tadeusza Mazowieckiego. Jego powołanie było konsekwencją przeprowadzenia wyborów czerwcowych, które umożliwiły solidarnościowej opozycji udział w sprawowaniu władzy. Mimo określania nowego gabinetu jako „pierwszy niekomunistyczny rząd w Polsce” oba resorty siłowe (MON i MSW) w dalszym ciągu kontrolowane były przez Polską Zjednoczoną Partię Robotniczą. Ministrem spraw wewnętrznych pozostawał gen. Czesław Kiszczak, objął on również funkcję wicepremiera. W podległym mu urzędzie utrzymywał się wewnętrzny podział na służby MSW, ich kierownictwo nadal tworzyła grupa wysokich funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa i Milicji Obywatelskiej.
Zmiany dokonane zostały dopiero w pierwszej połowie 1990 r. już po rozwiązaniu PZPR. 7 marca w miejsce gen. Lucjana Czubińskiego na stanowisko wiceministra skierowany został działacz „Solidarności” Krzysztof Kozłowski, przewidywany na przyszłego szefa resortu. 6 kwietnia Sejm uchwalił tzw. pakiet ustaw policyjnych, weszły one w życie 10 maja, stając się prawną podstawą przekształceń. Tego samego dnia w stan likwidacji postawione zostały SB i MO. Na mocy uchwały nr 69 Rady Ministrów z 21 maja 1990 r..