Drewniany kościół pw. św.Jakuba przetrwał do początków XX wieku. W 1904 roku budowę nowego kościoła rozpoczął ksiądz Andrzej Szarecki. Nowa świątynia, murowana, jednonawowa, w stylu neogotyckim, pw. św. Stanisława Biskupa Męczennika, została konsekrowana przez biskupa Stanisława Zdzitowieckiego dnia 30 kwietnia 1908 roku. W roku 1940 okupant niemiecki aresztował miejscowego proboszcza, a kościół został zamknięty dla wiernych. W 2007 roku świątynię odnowił proboszcz ksiądz Henryk Pałucki. W odpust parafialny Przemienienia Pańskiego 6 sierpnia 2007 roku biskup włocławski Wiesław Mering dokonał poświęcenia nowego ołtarza oraz ambony.
Proboszczowie parafii Bytoń ks. Jacek Makowski (2013-) ks. Henryk Pałucki (1992-2013) ks. Józef Kwiatkowski (1983-1992) ks. Stanisław Kalisz (1976-1983) ks. Andrzej Graczykowski (1959-1976) ks. Witold Szyksznel (1947-1959) ks. Wiktor Baranowski (1946-1947) ks. Edmund Wolski (1935-1939) ks. Kazimierz Głowacki (1918-1933) ks. Gustaw Maternowski (1912-1918) ks. Andrzej Szarecki (1904-1910) ks. Kazimierz Kraszewski (1896-1903) ks. Jan Grodek (1887-1895) ks. Władysław Grabowski (1874-1884) ks. Szulc (1873) ks. Józef Jezierski (1850-1866) ks. Wojciech Szczepański (1850) ks. Józef Marzantowicz (1846-1849) ks. Władysław Kożuchowski (1843-1846) ks.