W okresie wojny 30-letniej. w 1622 r. spłonął kościół parafialny, którego odbudowa trwała pięć lat. W latach dwudziestych XVII w. miasto splądrowały walczące wojska, a w 1642 r. w okresie potopu szwedzkiego Pyskowice zdobyły wojska szwedzkie. XVIII w. z klęskami głodu, epidemiami i wojnami (II śląską i 7-letnią) wpłynął na zatrzymanie rozwój miasta. Pyskowice leżące w pobliżu dużych miast Górnego Śląska szybko odbudowały straty demograficzne, o czym świadczy liczba mieszkańców, która w 1787 r. wynosiła 1862.
Na przełomie XVIII i XIX w. powstał w mieście przemysł metalurgiczny oparty na węglu drzewnym. W mieście działały dwa hutnicze piece do wytopu surówki. Od 1808 r. Pyskowice utraciły status miasta prywatnego.
W 1822 r. w Pyskowicach wybuchło 11 pożarów, które doszczętnie zniszczyły miasto. W zgliszczach znalazła się połowa domów, ratusz, kościół, czteroletnia szkoła i spora część zabudowań gospodarczych. Plan odbudowy oparto na kształcie jaki Pyskowice miały w XIII w. Liczba mieszkańców Pyskowic w 1823 r. wynosiła już 2950 osób. W 1879 r. Pyskowice znalazły się na trasie linii kolejowej z Opola do Gliwic, a w ślad za tym stały się miejscem stacji rozrządowej w 1898 r. W tym okresie rozpoczęła się budowa osiedla dla kolejarzy i systematyczna modernizacja stacji kolejowej.