Prednizon stosowany jest między innymi w: Zaburzeniach endokrynologicznych: choroba Addisona, wtórna niewydolność kory nadnerczy, wrodzona hiperplazja nadnerczy, hiperkalcemia związana z chorobą nowotworową. Chorobach alergicznych nie reagujących na inne metody leczenia. Chorobach autoimmunologicznych: autoimmunologiczne zapalenie wątroby, toczeń rumieniowaty układowy, pęcherzyca, niedokrwistość hemolityczna nabyta (niedokrwistość Addisona-Biermera), stwardnienie rozsiane, sarkoidoza, reumatoidalne zapalenie stawów, wrzodziejące zapalenie jelita grubego, choroba Leśniowskiego-Crohna, zespół Sjögrena, choroba Hortona. Chorobach nowotworowych (w połączeniu z odpowiednim leczeniem przeciwnowotworowym): białaczki, chłoniaki, histiocytoza z komórek Langerhansa.
Przeciwwskazania Prednizon jest przeciwwskazany u chorych z układowymi zakażeniami grzybiczymi, ze względu na ryzyko nasilenia zakażenia.
Nie powinien być również stosowany u kobiet w ciąży i karmiących piersią, gdyż zwiększa ryzyko wad rozwojowych płodu (np.