Z tego stanowiska odszedł po nieudanych mistrzostwach świata 2006.
Pierwsze samodzielne prace W 2004, po zwolnieniu Stefana Majewskiego z posady pierwszego trenera Amiki ponownie podjął współpracę z tym klubem na stanowisku trenera-menedżera (pełniąc jednocześnie funkcję asystenta selekcjonera reprezentacji Polski). W listopadzie 2005 zrezygnował z funkcji trenera Amiki.
Od listopada 2006 trenował Dyskobolię Grodzisk Wielkopolski, z którą zdobył na finiszu sezonu 2006/07 Puchar Polski oraz Puchar Ekstraklasy. 13 czerwca 2007 podpisał kontrakt z Wisłą Kraków. Z klubem tym dwukrotnie, w sezonach 2007/08 i 2008/09, zdobył mistrzostwo Polski. W krakowskim klubie pracował do 15 marca 2010, kiedy został zwolniony ze stanowiska trenera Białej Gwiazdy po nieudanym początku rundy rewanżowej sezonu 2009/10. Zastąpił go Henryk Kasperczak. mały|200x200px|Skorża jako trener Legii w 2011 Od czerwca 2010, przez dwa kolejne sezony Skorża był trenerem Legii Warszawa, z którą dwukrotnie wygrał rozgrywki Pucharu Polski.
Ettifaq FC 26 września 2012 został trenerem saudyjskiego klubu Ettifaq FC. W sezonie 2012/13 ligi saudyjskiej zajął z drużyną szóste miejsce. W czerwcu 2013 poinformował, że nie przedłużył kontraktu i odszedł z klubu.