W tym samym roku udał się do Genewy aby objąć stanowisko sekretarza w departamencie higieny i epidemiologii Ligi Narodów. W następnych latach (1925–26) w celach zawodowych podróżował do Ameryki, Anglii, Senegalu i Nigerii, rozpoczął pracę nad pierwszym utworem, „L'Église”. Żona wystąpiła o rozwód. W 1927 otworzył własny gabinet lekarski w Clichy. Wyjechał do ZSRR, aby przyjrzeć się radzieckiej rzeczywistości. W 1936 poznał Lucettę Almanzor, która wkrótce została jego partnerką życiową (wzięli ślub w 1943).

W 1939 chciał ponownie wstąpić do wojska, jednak jego zgłoszenie zostało odrzucone. W 1941 wziął udział w spotkaniach organizowanych przez Instytut Niemiecki w Paryżu, poświęconych tematom rasowym. W 1944 wraz z Lucettą opuścił Paryż i zatrzymał się w Niemczech (planował schronić się w Danii). Został aresztowany i osadzony w więzieniu, gdy próbował przedostać się do Kopenhagi. Po zakończeniu wojny oskarżono go o kolaborację z Niemcami. W 1947 za sprawą duńskiego ministra zwolniono go z więzienia i oddalono do miejscowości Korsor. W tym czasie we Francji trwała kampania przeciw Céline'owi (Jean-Paul Sartre domagał się dla niego kary śmierci).