Tworząc struktury organizacyjne wzorowano się na wzorcach stowarzyszeń wolnomularskich – niższe szczeble organizacji nie miały nic wiedzieć o wyższych.
Program Rolę programu Ligi Polskiej odgrywała początkowo broszura autorstwa Zygmunta Miłkowskiego Rzecz o obronie czynnej i skarbie narodowym. Autor poddał w niej bezwzględnej krytyce politykę którą określił jako obronę bierną, a która jego zdaniem zrodziła się z panicznego strachu, jaki opanował serca i umysły Polaków po klęsce powstania styczniowego. On właśnie stał się przyczyną pojawienia się „adwokatów bojaźni”, czyli zwolenników ugody z zaborcami, którzy chcieli bronić polskość tylko przez pracę organiczną, prowadzoną „w granicach prawem przepisanych”. Za tą postawą poszły „wywody przeciwko liberum conspiro” oraz wezwania do przeciwdziałania nastrojom powstańczym. To wszystko zdaniem Miłkowskiego doprowadziło ideę „obrony biernej” do „poniżenia ostatecznego”. Tym bardziej, że ze strony zaborców taka postawa Polaków nie przyniosła zakładanych przez ugodowców celów.