28 lipca 2016 roku Burkhardt podpisał kontrakt, z występującą w I lidze Pogonią Siedlce. Rundę wiosenną sezonu 2017/18 spędził jako zawodnik III-ligowego Motoru Lublin. W sezonie 2018/19 grał w III-ligowej Legionovii Legionowo, z którą wywalczył awans do II ligi. Następnie reprezentował barwy Gryfa Wejherowo. W sierpniu 2020 roku ponownie związał się z Pogonią Siedlce, obejmując stanowiska: trenera drugiej drużyny i dyrektora sportowego.
Od kwietnia 2022 roku jest zawodnikiem KTS Weszło występującego wówczas w grupie Warszawa I mazowieckiej klasie okręgowej, a od sezonu 2022/2023 w V lidze.
Kariera reprezentacyjna Marcin Burkhardt w reprezentacji Polski zadebiutował 14 lutego 2003 w spotkaniu z Macedonią, w którym na boisku pojawił się na początku drugiej połowy za Rafała Lasockiego. Łącznie w barwach państwowych rozegrał dziesięć meczów. Jedynego gola strzelił 11 grudnia 2003 w towarzyskim pojedynku z Maltą. Ostatni raz w wystąpił w kwietniu 2005.