Dzięki jego poparciu Fryderyk został koronowany 9 grudnia 1212 roku w Moguncji na króla Niemiec, a 22 listopada 1220 na cesarza.
W przeciwieństwie do swych poprzedników Fryderyk większość czasu spędzał poza terenem Niemiec, głównie w Królestwie Sycylii i we Włoszech.
Na Sycylii zdobył ostatnie twierdze Maurów w górach sycylijskich, a następnie przesiedlił ludność muzułmańską do Apulii, gdzie w roku 1220 zbudowała ona miasto LuceraAnna Maria Goławska: Włochy. Podróż na południe. Warszawa: Wydawnictwo Nowy Świat, 2010, s. 50–51..
Ponadto wydał dwa zbiory praw porządkujące sposób funkcjonowania monarchii sycylijskiej – rozporządzenia kapuańskie (1220) i Księgę cesarską (1231).
Rządy autokratyczne W czasie swoich rządów wprowadził autokratyczny system administracyjny w królestwie Sycylii, zarówno w zakresie administracji kościelnej, jak i świeckiej. Wprowadzenie autokratycznych rządów na całym terenie rozległego cesarstwa nie było jednak możliwe, z tego względu Fryderyk musiał iść na ustępstwa poza obszarem Włoch. Opozycja książąt niemieckich nie pozwalała na umocnienie władzy cesarskiej i królewskiej w Rzeszy. W 1220 nadał Kościołowi w Niemczech kartę swobód Confederatio cum principibus ecclesiasticis.