Po śmierci ojca w 1486 roku Fryderyk objął rządy w Unterlandzie. W 1495 roku, po bezpotomnej śmierci Zygmunta, przypadł mu także Oberland.
Wiosną 1482 roku wyruszył na pielgrzymkę do Ziemi Świętej, z której powrócił jesienią tego roku.
W 1488 roku przyłączył się do Związku Szwabskiego, sprzeciwiającego się zaborczej polityce Wittelsbachów. W 1493 roku doszło do sporu między Hohenzollernami, będącymi burgrabiami Norymbergi, a mieszkańcami tego miasta o kompetencje sądownicze. Do sporu wmieszali się Wittelsbachowie, popierając pretensje mieszczan. Fryderyk z kolei postarał się o poparcie szwagrów, z którymi spotkał się na zjeździe w Lewoczy wiosną 1494 roku. W efekcie 4 maja 1494 Władysław Jagiellończyk, a następnego dnia Jan Olbracht wysłali pisma do władz Norymbergi, by te nie sprzeciwiały się Hohenzollernom.
W maju 1509 roku cesarz Maksymilian I powierzył mu zarząd Werony.
25 marca 1515 roku w Kulmbach został uwięziony przez swojego najstarszego syna Kazimierza, osadzony w twierdzy Plassenburg i zmuszony do abdykacji.