Organizacja oddziałów Oddziały CSMC stacjonowały w bazach okrętowych Konfederacji, jak również nabrzeżnych fortyfikacjach jak Fort Fisher w Karolinie Północnej. Marines służyli także na okrętach wojennych, takich jak CSS „Alabama”. W słynnej bitwie pomiędzy pancernikami USS „Monitor” oraz CSS „Virginia” kompania „C” obsługiwała działa na pokładzie tego drugiego.

W lecie 1862 roku Korpus został podzielony na oddziały wielkości drużyn i rozproszony po całym południu. Żołnierze mieli szkolić rekrutów artylerii, aby zapobiegać brakom wyszkolonych działowych. Z tego powodu kwatera główna Korpusu została ustanowiona w forcie Darling oraz Camp Beall, znajdujących się w Drewry’s Bluff na brzegu rzeki James w Wirginii. Trzy kompanie – „A”. „B” oraz „C” – stacjonowały w nowym obozie. Tamże, w lecie 1862, brali udział w odparciu ataków eskadry US Navy, w skład której wchodziły USS „Monitor” oraz USS „Galena”.