W 1800 papież Pius VII postanowił całkowicie przywrócić Towarzystwo Jezusowe, ale nie było to możliwe z uwagi na wojny napoleońskie, aż do upadku cesarza.
W 1801 roku król Sardynii Karol Emanuel IV przywrócił jezuitów w swoim królestwie, w 1815 sam do nich dołączając.
W 1803 Józef Pignatelii został przełożonym zakonu na Białej Rusi, w zaborze rosyjskim. W tym samym roku Pius VII wydał dekret o odnowie zakonu w Neapolu i na Sycylii. Józef udał się z powrotem do Włoch, by na nowo organizować placówki jezuickie, pozostając nadal w związku z grupą jezuitów w Rosji. Wielu byłych jezuitów udało się do Neapolu, by wrócić do Towarzystwa. Pignatelli witał ich tylko dwa lata, kiedy to Józef Bonaparte zajął kraj i zmusił obcych jezuitów do odejścia z jego kraju.
Wyemigrowali na północ do Rzymu, gdzie utworzyli stałą Wspólnotę św. Pantaleona w pobliżu rzymskiego Koloseum i otworzyli nowicjat w Orvieto.
Śmierć Pignatelli spędził na wygnaniu czterdzieści lat, a przybywając do Rzymu, miał nadzieję na prawne przywrócenie Towarzystwa. Podczas dwóch ostatnich lat stan jego zdrowia pogorszył się, a osłabiony gruźlicą cierpiał na krwotoki. Zmarł 15 listopada 1811 roku.