W klasztornym kościele czczona była cudami słynąca figura Matki Boskiej Łąkowskiej. Ukoronowano ją koronami papieskimi 4 czerwca 1752 za pontyfikatu Benedykta XIV. Koronacji dokonali biskupi Wojciech Stanisław Leski i Fabian Franciszek Pląskowski. Akt ten był potwierdzeniem ze strony Stolicy Apostolskiej prawdziwości dokonywanych w sanktuarium cudów za wstawiennictwem Matki Bożej. Podczas uroczystości koronacyjnych udzielono 18000 komunii świętej, z Elbląga sprowadzono oddział Regimentu Pieszego Koronnego Królewicza liczący 60 żołnierzy oraz oddziały konnicy z Malborka i Chełmna. W tym okresie do klasztoru w Łąkach Bratiańskich pielgrzymowano z Kaszub, Warmii, Mazowsza i Wielkopolski. Odpust trwał tydzień, rozpoczynając się 4 czerwca – w rocznicę poświęcenia kościoła.
Gdy w wyniku I rozbioru Polski Królestwo Prus anektowało w 1772 Prusy Królewskie, Nowe Miasto Lubawskie i Łąki Bratiańskie znalazły się pod panowaniem Hohenzollernów. Mimo nieprzychylności władz państwowych w 1785 rozpoczęto budowę większego kościoła w stylu barokowym. Budowę świątyni ukończono w 1790. Również w XIX wieku sanktuarium łąkowskie zapełniało się pielgrzymami, także z terenów Polski Kongresowej. Kościół klasztorny składał się nawy i prezbiterium. Między 1683 a 1693 wybudowano kaplicę z kryptą grobową.