W latach 1584–1594 burmistrz Torunia Henryk Stroband przeprowadził reformę Gimnazjum. Dzięki jego działaniom w 1598 roku Gimnazjum Toruńskie podniesiono do rangi Gimnazjum Akademickiego. Bardzo duży nacisk kładziono na łacinę, zaniechano nauczania matematyki i przedmiotów przyrodniczych. Program nauczania rozszerzono z sześciu do dziesięciu lat. Promocja do następnej klasy była uzależniona od zdania obowiązkowego egzaminu. W ciągu dziesięciu (według innego źródła dwunastu) lat uczeń miał nauczyć się około 20 tys. słów w języku łacińskim. Język niemiecki był językiem pomocniczym wyłącznie w trzech pierwszych klasach. Uczniowie nie mieli wakacji. Szkoła dysponowała przepisami szczegółowo regulującymi życie codzienne uczniów.
Ponadto Stroband przyczynił się do utworzenia biblioteki gimnazjalnej (1594) i drukarni (1598), zaadaptował pomieszczenia dawnego klasztoru franciszkańskiego do celów edukacyjnych oraz zlecił budowę bursy dla ubogich (1598–1601), ale również i zdolnych uczniów gimnazjum. Biblioteka miała bogaty księgozbiór, składający się m.in. ze zbiorów poklasztornych, rady miejskiej oraz darowizn. Ponadto miała obszerny zbiór kartograficzny, szkielet ludzki oraz portrety sławnych ludzi oraz sponsorów szkoły.