Po wydaniu w 1582 r. przez papieża Grzegorza XIII bulli Inter gravissimas o wprowadzeniu nowego kalendarza (kalendarz gregoriański), w którym opuszczono 10 dni, Jeremiasz wydał skierowane do Cerkwi prawosławnych posłanie, w którym wzywał do odrzucenia papieskiej reformy kalendarza liturgicznego, ponieważ m.in. naruszała ona decyzje soboru nicejskiego w kwestii czasu świętowania Wielkanocy.
W 1584 został ponownie usunięty z urzędu i zesłany na wyspę Rodos, gdzie spędził następne trzy lata, aż do ponownej elekcji na tron patriarszy pod koniec 1587.
Kiedy Jeremiasz obejmował funkcję patriarchy po raz trzeci, skarbiec patriarszy był zadłużony, autorytet bardzo nadszarpnięty poprzez niekończące się interwencje sułtana w wewnętrzne sprawy Cerkwi. W związku z tym Jeremiasz, zaniepokojony katastrofalnym stanem, w jakim znalazła się prawosławna cerkiew grecka, w 1588 r. wyruszył w długą podróż na ziemie rosyjskie, mając na celu zdobycie wsparcia finansowego i politycznego. Była to pierwsza w dziejach podróż patriarchy konstantynopolitańskiego na ziemie ruskie. Podczas swej podróży, Jeremiasz wizytował także ziemie południowo-wschodniej Rzeczypospolitej, które zgodnie z prawem kanonicznym stanowiły metropolię podległą bezpośrednio Konstantynopolowi. Jeremiasz podróżował m.in. przez Lwów.