Polikrates zbudował w Samos świątynię Hery – Herajon nad strumieniem Imbrasos, miejscem narodzin Hery, tunel Eupalinosa i falochron portu w dzisiejszym Pythagorionie.
Wojna ze Spartą i upadek Polikrates wysyła na pomoc Amasisowi wielu swych żołnierzy, pragnąc w ten sposób pozbyć się potencjalnych buntowników. W drodze do Egiptu dezerterują oni jednak, tworząc silną opozycję przeciw władcy. Po śmierci Amasisa Polikrates zawarł sojusz z Kambyzesem II, a niezadowoleni przeciwnicy z Samos wezwali na pomoc Spartan i Koryntian, którzy przez czterdzieści dni nieudanie oblegali mury Samos. Po zdobyciu Jonii przez Cyrusa i floty fenickiej przez Kambyzesa hegemonia Samos na morzu dobiegła końca, a Polikrates musiał zaprzestać uprawiania dochodowego piractwa.
Śmierć Polikratesa jest potwierdzeniem wypowiedzianej przez Amasisa zasady o zmienności losu. Tyran został podstępnie zabity przez Orojtesa, perskiego namiestnika w Sardes, który zwabił go w pułapkę w Magnezji obiecując współpracę wojskową przeciw Persom i liczne skarby.