1 marca 2019 spółka Orlen KolTrans Sp. z o.o. zmieniła formę prawną i rozpoczęła działalność pod nazwą: Orlen KolTrans Spółka Akcyjna, w skrócie Orlen KolTrans S.A.
W 2010 roku Orlen KolTrans wdrożył politykę bezpieczeństwa i decyzją Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego uzyskał akceptację Systemu Zarządzania Bezpieczeństwem w transporcie kolejowym, co zostało potwierdzone certyfikatem bezpieczeństwa. 1 sierpnia 2022 nastąpiło przejęcie Grupy Lotos przez PKN Orlen i fuzji obu tych spółek. W związku z fuzją nastąpi połączenie obu przewoźników kolejowych, polegające na wchłonięciu Orlen KolTrans przez Lotos Kolej. 3 lipca 2023 Lotos Kolej przejęła majątek Orlenu KolTrans i tym samym ten ostatni przestał istnieć. Według władz spółki – połączone spółki będą funkcjonować pod nazwą „Lotos Kolej” do czasu wygaśnięcia koncesji, a następnie będą funkcjonować pod nazwą „Orlen”.
Działalność Orlen KolTrans W ramach konsolidacji aktywów kolejowych wewnątrz Grupy Kapitałowej Orlen w czerwcu 2017 roku nastąpiło przejęcie przez Orlen KolTrans zorganizowanej części przedsiębiorstwa Euronaft Trzebinia.