Na nowo Flota pod nazwą Morski Klub Sportowy „Flota” została zarejestrowana 20 czerwca 2015 roku. Prezesem klubu został Leszek Zakrzewski. W klubie rozpoczęły działalność cztery drużyny piłkarskie: seniorzy (klasa A), juniorzy starsi (liga wojewódzka) oraz dwa zespoły trampkarzy.
Sukcesy 3. miejsce w I lidze: 2010/2011 4. miejsce w I lidze: 2012/2013 1/4 Finału Pucharu Polski w sezonie 2012/2013 1/8 Finału Pucharu Polski w sezonie 2003/2004 Puchar Polski ZZPN w sezonie 2024/2025
Stadion Flota domowe mecze rozgrywa na Stadionie Miejskim im. Leszka Zakrzewskiego Ośrodka Sportu i Rekreacji w Świnoujściu.
Sezon po sezonie 1957 – Klasa A 1958 – Klasa A 1959 – Klasa A 1960 – Klasa A 1960/1961 – Klasa Okręgowa 1961/1962 – Klasa A 1962/1963 – Klasa Okręgowa 1963/1964 – Klasa A 1964/1965 – Klasa Okręgowa 1965/1966 – Klasa Okręgowa 1966/1967 – Klasa Okręgowa 1967/1968 – Klasa Okręgowa 1969/1970 – Klasa Okręgowa 1970/1971 – Klasa A 1971/1972 – Klasa Okręgowa 1972/1973 – Klasa Okręgowa 1973/1974 – Klasa Okręgowa 1974/1975 – Klasa Okręgowa 1975/1976 – Klasa Okręgowa 1976/1977 – III liga 1977/1978 – III liga 1979/1980 – III liga 1980/1981 – Klasa Okręgowa 1981/1982 – III liga 1982/1983 – Klasa Okręgowa 1983/1984 – III liga 1984/1985 – Klasa Okręgowa 1985/1986 – III liga 1986/1987 – Klasa Okręgowa