Wydany w 1988 album The Land of Rape and Honey, był wtedy wielkim przełomem dla grupy muzycznej. Jourgensen, już wraz z basistą Paulem Barkerem, który do niedawna był drugą stałą postacią w zespole, ruszył w kierunku metalu. W składzie pojawili się także: William Rieflin, Mike Scaccia, Kevin Ogilvie i Chris Conelly. Płytka osiągnęła wielki sukces na listach przebojów muzyki alternatywnej.
W 1989 ukazał się kolejny album zatytułowany The Mind is a Terrible Thing to Taste. Zespół kontynuował obrany wcześniej kierunek (Jourgensen współpracował w tym czasie z Jello Biafrą, tworząc projekt Lard).
W ciągu następnych kilku lat członkowie zespołu intensywnie zajęli się praca nad side-projektami. Jourgensen, prócz Biafry, współpracował też z Trentem Reznorem, tworząc projekt 1000 Homo DJs oraz Revolting Cocks – dodający do eklektycznej muzyki humorystyczne teksty. W tym czasie członkowie Ministry współpracowali wieloma zespołami, min: Pigface, Cabaret Voltaire, Skinny Puppy, KMFDM, Fugazi.
W 1991 Ministry wkroczyło na listy przebojów z kompozycją Jesus Built my Hotrod z gościnnym występem Gibbyego Haynesa, wokalisty punkowego projektu muzyczno-happeningowego Butthole Surfers.