Sprawa Jukosu Michaił Chodorkowski wielokrotnie krytykował politykę prezydenta Rosji, Władimira Putina. 25 października 2003 został oskarżony o nieprawidłowości przy prywatyzacji przedsiębiorstw i aresztowany. Powszechnie uważano, że Chodorkowski trafił do więzienia, bo otwarcie przeciwstawiał się Putinowi. Podczas pobytu w areszcie zrezygnował z funkcji szefa koncernu Jukos. Dziennikarz Władimir Kara-Murza podkreśla, że początek „sprawy Jukos” zbiegł się w czasie z zamknięciem, w 2001 r., niezależnego kanału telewizyjnego, który należał do Bieriezowskiego, co miało być zaplanowanym działaniem Przetłumaczono z rosyjskiego oryginału: .
W maju 2005 moskiewski sąd skazał Chodorkowskiego na 9 lat pozbawienia wolności i odbycie kary w kolonii karnej. Podczas procesu Chodorkowski powiedział, że nie chce żyć jako emigrant polityczny – woli więzienie. We wrześniu 2005 Sąd Miejski w Moskwie obniżył karę do 8 lat. Chodorkowski został zesłany do uranowej kolonii IK-10 w Krasnokamiensku w obwodzie czytyjskim.
19 stycznia 2009 Chodorkowski został przeniesiony z więzienia na Syberii do aresztu śledczego w Moskwie, gdzie oczekiwał na kolejny proces, który rozpoczął się 3 marca.