Podczas gdy Zakon Rycerzy Jedi walczył z Separatystami, Darth Sidious omamił oraz oszukał młodego Anakina Skywalkera m.in. wizją spisku Jedi. Co w połączeniu z problemami osobistymi doprowadziło do tego, że przeszedł na ciemną stronę Mocy, stając się Darthem Vaderem i prawą ręką Mrocznego Lorda Sidiousa. W końcu Palpatine przestał ukrywać swoje prawdziwe zamiary – ogłosił, że rycerze Jedi są wrogami wolności i demokracji, a ład w Republice może przywrócić tylko on sam. Ogłosił powstanie Imperium i nakazał całkowite wyeliminowanie Jedi, w czym pomógł wydany przez Palpatine’a rozkaz 66 wedle, którego republikańskie klony miały zlikwidować wszelkich Jedi w zasięgu (było to posunięcie strategiczne, zaplanowane i wdrożone kilkanaście lat wcześniej). Przeżyć zdołali zaledwie nieliczni. Wśród nich byli: mistrz Yoda, ukrywający się w późniejszym czasie na planecie Dagobah; Obi-Wan Kenobi, który wkrótce zamieszkał na Tatooine strzegąc młodego Luke’a Skywalkera; była uczennica Anakina Ahsoka Tano;